Отличием эндаумента от обычной благотворительной организации является строго целевой характер деятельности и нацеленность на получение дохода за счёт инвестирования средств. Строго целевой характер расходования средств означает, что из средств целевого капитала не может быть профинансирована никакая текущая деятельность. Так, расходы по обеспечению аппарата эндаумента покрываются за счёт целевых взносов, большая часть которых - Игоря Кима.
Из взносов меценатов формируется или пополняется уже существующий целевой капитал. Затем он передаётся управляющей компании, которая инвестирует целевой капитал с целью получения дохода. Согласно федеральному закону используются только надёжные финансовые инструменты. Доход от ЦК управляющая компания передаёт эндаументу, где он используется для финансирования проектов НГУ и СУНЦ НГУ. Целевой капитал не расходуется – он только пополняется, поэтому с увеличением его объёма увеличивается и доход, который получает фонд.